Tenemos constancia a través de una certificación de Francisco Sabatini fechada el 20 de abril de 1796, que Santiago Marqui estuvo empleado bajo sus órdenes en varias obras reales que dirigía y que trabajó como aparejador en las obras del Real Palacio (Madrid), hecho por el que solicitó por estas fechas ser uno de los maestros de obras aprobados por la Academia.

La Corporación le admitió a examen en la Junta Ordinaria del 1 de mayo de 1796, fecha en la que se le dio como asuntos para trabajar «Una Casa con destino á tahona con horno para cocer el pan y las demas oficinas necesarias, y habitaciones para los amos y los criados, demostrada en plantas y alzados geometricos con el informe facultativo y avance del costo» (del A-2253 al A-2256) y  «la montea y modelo de un puente de un solo ojo de 20 pies castellanos de luz para hacerse de piedra labrada« (A-5310).

El examen final tuvo lugar en la Junta Extraordinaria del 20 de abril de 1797, asistiendo a ella los profesores Maella, Arnal, Martín Rodríguez, Casanova, Varas y Bosarte, excusando su asistencia Manuel Machuca por problemas reumáticos. Cotejadas las obras por el pretendiente de la junta y después de ser cuestionado sobre diferentes aspectos de la teoría y práctica de la arquitectura se le halló con mérito para ostentar el título de maestro de obras, grado que le fue conferido en la Junta Ordinaria del 30 de abril de 1797.

En 1803 el Rey le nombró arquitecto para que pudiera continuar la fábrica de la catedral de Guatemala, habiendo sido previamente consultada la Academia sobre dicho nombramiento, sin embargo, no llegaría a su nuevo destino hasta 1805. En 1809 le veremos dirigiendo las obras del templo de la Recolección o templo del Santísimo Cristo Crucificado en el centro histórico de la misma ciudad, bajo los planos del arquitecto mayor Pedro de García Aguirre quien los había diseñado en 1797. 

Años más tarde llegó a la corporación un oficio por acuerdo del Supremo Consejo de Indias relativo a una instancia enviada por Marqui solicitando varias peticiones a raíz de la Real Orden del 16 de noviembre de 1815. Entre estas peticiones se encontraban: el poder continuar las obras de dicha catedral, usar el uniforme de los arquitectos directores de la de San Fernando y hacer extensivo en aquellos dominios la Real Orden del 2 de octubre de 1814, por la que se reencargaba la observancia de los Estatutos de ese Real Cuerpo.

Todas estas solicitudes fueron estudiadas por la Comisión de Arquitectura el 6 de julio de 1819, momento en que se hizo presente que Marqui, quien se hacía titular arquitecto, no había obtenido más grado que el de maestro de obras; que el uso del uniforme como las demás preeminencias a él anexas era gracia peculiar y privativa que se concedía sólo a los maestros directores y tenientes incorporados en este cuerpo y no a otra clase de individuos, ni aún a los directores y tenientes de las otras reales academias que disfrutaban de los mismos privilegios. Y por último, que no era inconveniente el mandar publicar allí la citada Real Cédula del 2 de octubre de 1814 para que circulase en aquellos dominios y se cumpliese lo prevenido en ella.