Nació en Peñaflor (Sevilla) hacia 1798 y murió en 1871. Comenzó sus estudios de arquitectura en 1808 en la Escuela de Sevilla, centro donde cursó tres años de Matemáticas obteniendo un premio. En 1828 se trasladó a Madrid, matriculándose como alumno en la Academia de San Fernando en la sala de arquitectura, estudios que simultaneó asistiendo por la mañana y por la tarde al estudio particular del teniente director Juan Miguel de Inclán. Junto a este profesor se aplicó en la teoría y práctica de la profesión trabajando de continuo en todas sus obras.

El 6 de febrero de 1831 solicitó de la Academia su admisión a los ejercicios para la clase de maestro arquitecto, presentando como prueba de pensado el proyecto de una Aduana con destino a las márgenes del Guadalquivir, a una legua de Sanlúcar de Barrameda (Cádiz) (del A-1066 al A-1069) con su informe facultativo y el avance del coste de la obra, la certificación de práctica librada por el académico de mérito Juan Miguel de Inclán y la justificación de su conducta moral y política.

La Comisión de Arquitectura celebrada el 8 de marzo de 1831 examinó la obra y los documentos aportados, acordando el pase del pretendiente al resto de los ejercicios de reglamento. Fue admitido en la Junta Ordinaria del 13 del mismo, fecha en la que le fueron sorteados los programas de repente. Le tocaron en suerte los números 26, 54 y 98, los cuales respondieron respectivamente: «Atrio magnifico para ingreso de un Palacio Real, planta y corte interior, insinuando la escalera», «Una Galeria como para adornar el paseo del Prado en frente de la Fuente del Apolo en la parte descubierta q^e dejó la Alcantarilla; que tenga á sus extremos, Botillería, café, sala de tertulia y pieza para mesas de trucos y de villar. Planta, alzado y corte» y «Teniendo presente la basílica de Jano, que describen los comentadores de Vitrubio en sus respectivos lugares y lo q^e se deduce de la del Paladio, disponer otra con arreglo á nros usos. Planta, fachada y corte». De los tres asuntos escogió el nº 98, es decir, Una basílica arreglada a nuestros usos, teniendo presente la Basílica de Jano que describen los comentaristas de Vitrubio, inventariada como ¿Un salón de juntas o de recreo? (A-5747), elección que comunicó el 21 de marzo.

La Junta de Examen tuvo lugar el 23 de marzo de 1831, asistiendo a ella como vocales los profesores Juan Antonio Cuervo, Antonio de Varas, Juan Miguel de Inclán, Custodio Moreno y Martín Fernández de Navarrete. Cotejada la obra de pensado con la de repente que el interesado explicó una vez entrado en la sala, se procedió a la realización del examen teórico. Portillo y Navarrete dio comienzo a este nuevo ejercicio contestando a las preguntas que le hicieron los examinadores acerca de los principios de la geometría, las líneas, las figuras usadas en la arquitectura y los métodos para medir sus superficies, centrándose fundamentalmente en la pirámide. También sobre la colocación de las escaleras, la mejor distribución de su obra de pensado (la aduana), la solidez, la esfera y sus cortes; la formación de las pechinas, las bóvedas y el modo de realizarlas, y por último el método para medir la superficie de un casquete que hubiera de pintarse.

Satisfechos los examinadores con las obras ejecutadas y las contestaciones dadas a las preguntas formuladas le vieron con los conocimientos necesarios para ostentar el título de maestro arquitecto, grado que le fue concedido en la Junta Ordinaria del 24 de abril de 1831, a los 33 años de edad.

En 1854 fue nombrado arquitecto del arzobispado y entre 1859 y 1863 ocupó el cargo de Arquitecto Provincial. En abril de 1864 nos encontramos con un individuo llamado Manuel Portillo trabajando en varias obras de reparación en el ex convento de Santa María de la Rábida (Huelva), cuyo proyecto sería remitido a la Academia de San Fernando por el gobernador de la provincia el 20 de abril. No sabemos si se refiere a Manuel Portillo de Ávila o Manuel Portillo y Navarrete, ambos naturales de Sevilla, pero sí podemos afirmar que la Junta de la Sección de Arquitectura celebrada el 12 de mayo se ocupó de su censura y lo aprobó, no sin antes advertir a su autor la conveniencia de adquirir la huerta del antiguo convento al completar el monumento, no sólo por sus recuerdos históricos sino también por tener algunos restos romanos.

Lo mismo nos ocurre cuando el 14 de mayo de 1873 los académicos Antonio Ruiz de Salces, Juan Bautista Peyronnet y Antonio de Cachavera y Langara propusieron a Manuel Portillo ¿de Ávila? o ¿Navarrete? para la clase de académico de número de Bellas Artes de Sevilla en vista de su relevante trayectoria profesional, ya que era arquitecto individuo de la Junta de Sanidad de la Provincia y había sido condecorado con varias cruces de distinción, habiendo desempeñado varios cargos oficiales. Para su nombramiento se realizaron varias lecturas: la 1ª en la Junta Ordinaria del 26 de mayo de 1873 mientras que la 2ª, 3ª y 4ª los días 2, 9 y 16 de junio respectivamente. La votación secreta tuvo lugar en la Junta Extraordinaria del 16 de junio siendo aprobado por unanimidad de votos. El 2 de julio Manuel Portillo puso en conocimiento de la Academia el haber recibido la comunicación con su nombramiento, momento que aprovechó para dar las gracias por tan alta distinción y notificar que había autorizado a Joaquín Lobo Espinar para recoger el correspondiente diploma. La corporación quedó enterada de todo ello en la Junta celebrada el 22 de septiembre de 1873.