Hijo del profesor Melchor de Prado y Mariño y María del Socorro Vallo, nació en Santiago de Compostela (Galicia) el 11 de febrero de 1802 siendo bautizado dos días más tarde en la iglesia parroquial de San Miguel dos Agros y murió hacia 1875. Desde muy joven y por espacio de doce años estudió la parte científica y la práctica de la arquitectura al lado de su padre, arquitecto titular de la ciudad de La Coruña y académico de mérito por la Academia de San Fernando. Le acompañó y asistió a la dirección de las obras más importantes que había proyectado y dirigido, entre ellas, la fábrica de nueva planta para la iglesia colegiata de la ciudad de Vigo y la reedificación del puente de Belesar sobre el río Miño, incluso llegó a desempeñar el destino de su padre por indisposición en sus últimos dos años de vida.

El 2 de septiembre de 1839 solicitó de la Academia de San Fernando su admisión a los ejercicios para la clase de maestro arquitecto, presentando como prueba de pensado el proyecto de Un panteón monumental para perpetuar la memoria de los hombres célebres en materia de artes y ciencias (del A-4898 al A-4900) con su informe facultativo y el avance del coste de la obra, la partida de bautismo, la certificación de práctica librada por Domingo Lareo, arquitecto y ayudante del cuerpo de Ingenieros de Caminos y Canales que fue testigo de los trabajos desempeñados por Manuel y su padre, además de la justificación de su conducta moral y política.

La Junta de la Comisión de Arquitectura celebrada el martes 10 de septiembre de 1839 examinó la obra y los documentos aportados, acordando el pase del pretendiente al resto de los ejercicios de reglamento después de que varios académicos pusieran objeciones sobre el carácter de la obra presentada. Fue admitido en la Junta Ordinaria del 15 del mismo mes junto con Pascual Rosende, Pablo Espinosa Serrano y Francisco Pablo Gutiérrez, fecha en la que les fueron sorteados los programas de repente. A Prado y Valle le tocaron en suerte los números 25, 102 y 101, los cuales respondieron respectivamente: «Encima de una roca ó peñasco imitando el natural q^e pueda en su centro manejarse una maquina hidraulica pª sacar agua que fluirá por cascadas en la misma peña, disponer un cenador de orden jonico para un jardin. Planta, seccion y fachada», «En un sitio de 60- á 70 pies de fachada entre medianerias, idear la casa para un longista que tenga en el piso principal su habitación con todas conveniencias. Planta, fachada y corte» y «Un Peso Real ó Almacen para despacho de generos comestibles con habitación pª el Administrador y Mozos. Se demostrará en planta, fachada y una sección». De los tres asuntos Prado y Vallo escogió el nº 102, es decir, la Casa para un lonjista en un sitio de 60 a 70 pies de fachada entre medianerías (A-1523), elección que comunicó a la corporación el 26 de septiembre.

La Junta de Examen tuvo lugar la tarde del 21 de octubre de 1839, asistiendo a ella como vocales los profesores Martín Fernández de Navarrete, Tiburcio Pérez, José  Joaquín de Troconiz, Eugenio de la Cámara  y Juan Miguel de Inclán Valdés. Cotejada la obra de pensado con la prueba de repente que el interesado explicó una vez entrado en la sala, se procedió a la realización del examen teórico. El interesado comenzó este nuevo ejercicio tratando la geometría a través de la reducción de unas figuras, como las doctrinas de los lados, las líneas y la medida de las superficies. Después pasó a las curvas, el círculo y la elipse, como a los métodos para su traza por cálculo y el método gráfico. Seguidamente entró en la medida de las alturas inaccesibles y accesibles en su planta, utilizando el uso del grafómetro y con sólo piquetes, cuyas operaciones explicó. También las diferentes unidades de medida y las prevenciones que debían tenerse presentes en el uso de las cuerdas, cintas y cadenas de que se servía el arquitecto en este tipo de operaciones. Del mismo modo, trató el uso de los tornos y cabrillas, las doctrinas de la palanca y sus efectos, así como las leyes del equilibrio. Despues propuso la composición y reparación de una presa y se le propuso la construcción de un arco, del que trató su construcción y las formas de sus plantillas. Por último, los profesores le preguntaron acerca de los replanteos, los cimientos más apropiados para la mayor solidez de los pórticos de su obra, la construcción del mismo pórtico, los despiezos y el atado de los arquitrabes y frisos; los suelos de maderas descubiertas, el asiento y resistencia de las mismas y otras tantas preguntas relativas a la práctica de la profesión.

Satisfechos los examinadores con las obras elaboradas y las contestaciones dadas a las preguntas formuladas le creyerón apto para ostentar el título de maestro arquitecto, grado que le fue concedido en la Junta Ordinaria del 27 de octubre de 1839, a los 37 años de edad.

Al año siguiente remitió a informe de la Academia los diseños de un proyecto de teatro que, a costa de varios particulares, se trataba de construir en Santiago (Galicia), en el mismo lugar que ocupaba el antiguo y del que se intentaba aprovechar toda la parte exterior. Los interesados le habían proporcionado el pliego con la explicación de la obra firmada y ejecutada por su autor Faustino Domínguez, pero el proyecto sería reprobado por la Junta de la Comisión de Arquitectura el 16 de junio de 1840 y por la Academia en la Junta Ordinaria del 21 de este mismo mes, siéndole comunicado a Prado: «[...] que sino admitiese reforma total el pensamiento deberá hacer en él las que sean mas adaptables y convenientes á su estrechez y precisión».

La Sección de Arquitectura reunida el 13 de febrero de 1850 estudió el expediente y los planos relativos a la construcción de una plaza de mercado que se intentaba edificar también en la ciudad de Santiago, en esta ocasión suscritos por Manuel del Prado y Vallo. Se halló en ellos algunos descuidos fáciles de corregir y que no alteraban en nada la totalidad del proyecto, por lo que se indicó al autor los siguiente: «[...] se echa de menos en él una fuente con agua abundante y desagües oportunamente dispuestos como lo exige el aseo y la salubridad de esta clase de edificios. Falta asimismo uno ó mas almacenes para los pescados ò bien un sitio donde acudan à surtirse los de las tiendas y donde descarguen los Arrieros, lo cual se podria conciliar disminuyendo el gran cobertizo destinado à la venta de pan. Por último se nota que entrando por cualquiera de las dos puertas laterales de la plaza hay necesidad de andar un buen espacio al descubierto hasta llegar al sitio destinado à la venta de los pescados y que en muchas de las tiendas tiene que estar tambien el comprador al descubierto, defecto que se podria corregir construyendo cobertizos delante de ellas como los que hay en el resto de la plaza [...]». El dictamen de la sección fue aprobado por la Academia en la Junta General del 17 de febrero de 1850.

A mediados de 1851, el subsecretario del Ministerio de la Gobernación remitió a informe el expediente y los planos para la construcción de una cárcel de partido para la villa de Órdenes (La Coruña) firmados por Prado y Vallo. La Sección de Arquitectura reunida el 29 de julio tan solo notó cierta falta de carácter en la fachada, sobre todo por el rompimiento que se había hecho del alero para figurar sobre la puerta una especie de frontón, pero creyó que corregido esto podía aprobarse sin problema. El acuerdo de la Sección de Arquitectura sería aprobado por la Academia en la Junta General del 5 de octubre de 1851.