Hijo del maestro de obras valenciano Felipe Rubio El Mayor, obtuvo el título de maestro de obras por la Real Academia de San Carlos de Valencia en 1737. Una de sus obras más conocidas fue la Casa Aduana de Valencia (del A- 1022 al A- 1024), cuyo plan puede fecharse en 1758 y su terminación entorno a 1764. Al ser una de sus realizaciones más importantes remitió a la Academia de San Fernando como prueba demostrativa su proyecto en planta, alzado de la fachada principal y sección AB cuando aún la obra estaba en curso, a fin de recibirse en la clase de académico de mérito, grado le fue concedido en la Junta Ordinaria del 7 de febrero de 1762.

En la Junta Ordinaria celebrada el 13 de enero de 1765 se reseña su nombre en la lista de los maestros que ostentan el grado de académico de mérito, en su caso en Valencia, junto con los de Vicente Gascó, Julián Sánchez Bort en el Ferrol, Torcuato Cayón en Cádiz y Marcos Evangelio en Cartagena. En vista de las representaciones hechas por la ciudad de Valencia y de los informes favorables de la Academia de San Fernando para la fundación y dotaciones de una Academia de Bellas Artes de Pintura, Escultura y Arquitectura en la misma ciudad, el rey aprobó por fin su fundación el 23 de enero de 1765 y la cantidad de 30.000 reales de vellón anuales para su manutención. Para ello, creó el 11 de marzo de 1765 una Junta compuesta del intendente Andrés Gómez y de la Vega (presidente), el marqués de Jura Real y Francisco Navarro (consiliarios), además de Tomás Bayarri (secretario) para que fueran formando los Estatutos y las leyes con la que debían gobernarse a partir de ahora.

Cumpliendo con la Real Orden de S.M. de 28 de febreo de 1764, el 16 de noviembre de 1765 esta junta preparatoria, que sería elevada al grado de Academia Real de las Artes con el nombre de San Carlos, remitió los estatutos para el gobierno de la futura academia y el 27 de diciembre nombró tres directores, uno por cada una de la Artes, otro del Grabado de medallas y otro de Estampas. El organigrama quedó de la siguiente manera: por la Pintura: Cristóbal Valero y José Vergara; por la Escultura: Ignacio Vergara y Luis Domingo; por la Arquitectura: Felipe Rubio y Vicente Gascó mientras que por el Grabado Manuel Monfort. Tan sólo ocupó dos años la plaza de director de Arquitectura en la Academia de San Carlos, ya que murió en 1767.