Nació en Zaragoza hacia 1801 y murió en la misma ciudad en 1868. Fue «discipulo de la R^l Academia de Sⁿ Luis, su Academico Supernumerario  en la clase de Arquitectura, premiado por la R^l Sociedad Aragonesa de Amigos del Pais, al final el curso de Matematico, y tambien por la R^l Academia en oposicion á varios premios de Arquitectura. Aprobado de Agrimensor en la misma, que ha desempeñado la Sala de principios Matematicos para los jovenes que se dedican al dibujo por el tratado de Dⁿ Juan Miguel de Ynclan Arqtº de esta R^l Acadª de San Fernando, desempeñando igualmente en el curso proximo pasado las Salas del Director y Teniente Director de Arquitectura, con cinco años de practica en las obras [...]».

A través de un oficio enviado a la Academia de San Fernando el 22 de marzo de 1814 por el secretario general de la Academia de San Luis de Zaragoza Agustín Alcalde, con la lista de los profesores titulados en su academia, tenemos constancia que José de Yarza era por entonces maestro de obras con los honores de académico supernumerario y teniente director de arquitectura, al tiempo que ostentaban el grado de académico de mérito Tiburcio del Caso y Ambrosio Lanzato, el grado de académico supernumerario Manuel Barta, el título de maestro de obras examinado por dicha academia Joaquín Girona y José Esteban, mientras que el título de maestro de obras antiguo Vicente Gracián, Joaquín Garbayo y Antonio Mendoza.

El 8 de junio de 1826 solicitó de la Academia de San Fernando su admisión a los ejercicios para la clase de arquitecto, presentando como prueba de pensado el proyecto de un «Palacio Consistorial para la Capital de Aragon» con su informe facultativo y el avance del cálculo de la obra, precedido todo de una breve disertación sobre las matemáticas y la arquitectura. Asimismo, adjuntaba el certificado de su buena conducta moral y política y la certificación de práctica librada por Manuel Barta, arquitecto de la Academia de San Luis y visitador general de los Canales de Aragón, con quien por espacio de cinco años había practicado la profesión en toda clase de obras, tanto civiles como hidráulicas.

La Junta de la Comisión de Arquitectura celebrada el 7 de julio de 1826 reconoció los diseños y los documentos aportados, pero no vio con mérito al pretendiente para ostentar el título que solicitaba al hallarlo falto en la práctica constructiva según lo demostraban sus dibujos. Barcenilla advirtió además que el interesado manifestaba entre otras condecoraciones el hallarse autorizado por la Academia de San Luis como académico profesor supernumerario conforme al título 16 fº 43 de los Estatutos, título que, aunque había estado siempre en uso en las demás artes, primero por la deliberación de la Academia en 1781 y después por la Real Orden del 18 de septiembre de 1796, se había suspendió para los profesores de arquitectura debido a los perjuicios que podían seguirse en esta clase. Por ello proponía que la Academia comunicase a las «otras subalternas» dicha orden, para que en lo sucesivo se abstuviesen de conceder semejante título a los arquitectos.

Ante estas circunstancias, la Academia reprobó a Yarza y Miñana en la clase de arquitecto en la Junta Ordinaria del 16 de julio de 1826, no obstante, el 6 de agosto de ese mismo año volvió a solicitar su admisión a los ejercicios para el mismo grado presentando en esta ocasión como obra de pensado el proyecto de Una iglesia parroquial para una capital de provincia de mil doscientas almas (A-3840 y A-3841) con su correspondiente informe facultativo y el avance de su coste. Es interesante mencionar que en estos momentos y debido a la existencia de varias fuentes que ponían en entredicho la conducta de Yarza y Miñana durante el sistema constitucionalista, Julián Barcenilla se vio obligado a solicitar que se aclarase la conducta moral y política del pretendiente para seguir con los trámites reglamentarios. Ante la dilatación del examen por esta incidencia, el secretario Martín Fernández de Navarrete expuso que «[...] de los muchos documentos que há presentado de esa Academia para comprobar sus estudios y servicios, y de otras autoridades para justificar su conducta  politica y moral, se han recibido algunas noticias extrajudiciales de esa Ciudad, unas anonimas y otras no, en que no solo inculpan gravemente á Yarza por sus procedimientos en el tiempo de la consitucion sino que en el caso de que sea aprobado tratan de representar al Rey N. Sr los de su profesion manifestandole aquellos excesos que suponen y desdeñandose de alternar con él». Es más, continuó exponiendo que para evitar este tipo de habladurías y a fin de que la Academia pudiera proceder con imparcialidad a discernir la verdad de los mezquinos intereses de la emulación, muy comunes entre la gente de la misma profesión, fuese informado por alguien de confianza al respecto a fin de proceder con el expediente en curso. Fernández de Navarrete volvió a examinar el expediente de Yarza y Miñana y observando que habían declarado como testigos a su favor dos abogados y cuatro sacerdotes, dos de ellos párrocos, quedaron finalmente invalidadas las denuncias contra su persona.

Una vez resuelto el problema, la Junta de la Comisión de Arquitectura celebrada el 3 de septiembre de 1826 examinó los diseños de la iglesia parroquial y los documentos aportados por Yarza, acordando su pase al resto de los ejercicios de reglamento. Fue admitido en la Junta Ordinaria celebrada el mismo 3 de septiembre, fecha en la que le fueron sorteados los programas de repente. Le tocaron en suerte los números 46, 99 y 63, los cuales respondieron respectivamente: «maquina de fuego artificial para situarla en medio de una plaza con motivo de regocijo público.- Planta y fachada y corte», «En una gran Plaza disponer en su centro tiendas sin mucha elevacion para el despacho de generos y comestibles.- Planta, fachada y corte» y «Una casa de Labrador con las oficinas y comodidades á tres pares de labor, granero, pajares y corral.- Planta, fachada y corte». De los tres asuntos escogió el nº 63, es decir, una Casa de campo y labranza (A-1854), elección que comunicó a la corporación el 5 de septiembre.

La Junta de Examen se reunió el 14 de septiembre de 1826, asistiendo a ella los profesores Manuel González Montaos, Juan Antonio Cuervo, Julián de Barcenilla, Juan Miguel de Inclán, Custodio Moreno y Martín Fernández de Navarrete, este último en calidad de vocal secretario. Cotejada la prueba de pensado con la obra de repente que el pretendiente explicó una vez entrado en la sala, se procedió a la realización del examen teórico. Yarza comenzó este nuevo ejercicio contestando a las preguntas que le hicieron los profesores sobre la teoría y práctica de la profesión. Enseguida explicó la arquitectura y su división (civil, hidráulica, militar y naval); los requisitos que debía tener un arquitecto; el método de nivelar los terrenos, la diferencia entre el nivel aparente y verdadero, así como la aplicación de esta doctrina a la formación de los canales. Después trató la diferencia de las curvas, la formación y propiedades del círculo, la parábola, la elipse y la hipérbola. Por último, el modo de construir un edificio, zanjar los cimientos y consolidar la obra en caso de que fuese necesario.

Satisfechos los examinadores con las obras ejecutadas y las explicaciones dadas a las preguntas formuladas por los profesores le hallaron hábil para ostentar el título de maestro arquitecto, grado que le fue concedido en la Junta Ordinaria del 17 de septiembre de 1826, a los 25 años de edad.

En 1827 presentó a informe de la Academia los planos para la reparación de la iglesia de Nuestra Señora del Portillo en Zaragoza arruinada en parte durante la defensa de la ciudad, aprobados en la Junta Ordinaria del 9 de septiembre, y en 1828 las obras de reparación y arreglo de la iglesia y convento de monjas de Santa Mónica en la misma ciudad, cuyo pensamiento lo fue igualmente en la Junta de la Comisión de Arquitectura el 5 de mayo de 1828.

Una vez acordado por la Academia en la Junta Ordinaria del 3 de abril de 1829 el cumplimiento de la real orden sobre el nombramiento de comisiones en las ciudades de Sevilla y Barcelona, así como la delegación en las Academia Reales para el examen de los profesores prácticos según preceptuaban el Real Decreto de 7 de diciembre de 1828, la Junta de la Comisión de Arquitectura celebrada el  5 de mayo de 1829 nombró para Sevilla a los académicos Melchor Cano y José García, como a los arquitectos Salustiano Ardanaz y Mariano del Río; para la de Barcelona al académico de mérito Antonio Celles; al de igual clase de San Carlos Pedro Serra y Bosch y al maestro arquitecto Francisco Vallés; en las Reales Academias de Valencia y Valladolid las respectivas juntas de exámenes en las mismas y, por último, en la de Zaragoza a Tiburcio del Caso, Antonio Vicente, Atilano Sanz y José Yarza y Miñana.

El 14 de junio de 1829 la Academia de San Fernando aprobó sus planos para la reedificación del Real Monasterio de Santa Engracia (Zaragoza), mientras que los días  15 y 17 de diciembre la Comisión de Arquitectura le aprobó también el proyecto para una casa de ayuntamiento y cárcel para la villa de Tudelilla (La Rioja). En este mismo año presentó también los planos en limpio para la reedificación del convento e iglesia de PP Capuchinos de Zaragoza, aprobados en la Junta Ordinaria del 8 de noviembre, además de otro para la construcción de un puente de madera sobre el río Ebro.

En atención a las obras construidas y enviadas a censura de la corporación académica, Yarza solicitó el 13 de julio de 1829 su admisión a los ejercicios para la clase de académico de mérito. Fue admitido en la Junta Ordinaria del 19 de julio de 1829, fecha en la que le sortearon los programas para disertar y el asunto de la prueba de diseño, este último consistente en el Templo híptero descrito por Vitruvio en su libro III, capítulo 1º  (A- 4653 y A- 4654). Los tres programas que le tocaron en suerte para su disertación académica respondieron a los números 19, 23 y 26: «Nº 19… Siendo analogos la distribucion, belleza y firmeza de un edificio, que debe tener presente el Arquitº al tiempo de formar las plantas y alzados para q^e resulte un todo acabado: que circunstan^c y observa^c deberá guardar para q^e se verifique uno y otro», «Nº 23… Sobre la Historia de la Arquitectura demostrar su utilidad, la necesidad q^e hay en toda republica bien ordenada de edificios correctos, cuales sean indispensables y q^e carácter y orden requieren» y «Nº 26…. Formar una idea Gen^l para un magnifico aqüeducto de modo que todos los Edificios de Madrid tengan aguas potables y al mismo tiempo señalar treinta, cuarenta ó mas sitios para otros tantos depositos que sirvan de socorro en los casos de yncendios». De los tres programas escogió el nº 23, elección que comunicó a la Academia el 31 de julio.

Comenzó su disertación, fechada en Zaragoza el 10 de  septiembre de 1829, con la distinción de los cuatro grandes periodos en la historia de la arquitectura, a saber:  el de su adelanto, perfección, decadencia y la época que Yarza llamaba presente y calificaba de restauración. Ponía de manifiesto su total desacuerdo con aquellos historiadores de la arquitectura que suponían a los griegos los padres de todas las ciencias y artes, cuando a su entender estos habían perfeccionado alguna de ellas y hasta la moral la habían recibido de los egipcios. Indicaba como el orden dórico y corintio ya existían en el Templo de Jerusalén, aunque esto no significaba que fueran los griegos los que dejaron clasificados los principios de la arquitectura llevandola a un grado de perfección que jamás había tenido. 

Formando parte de este primero periodo de la arquitectura que abarcaba hasta la construcción  de la antigua Roma, indicaba el nacimiento de los órdenes griegos y el toscano, único en entrar en los templos, edificios públicos y casas de los particulares romanos. Seguidamente centraba su interés en el segundo periodo de la Arquitectura, es decir, aquel en el que Vitrubio  había compuesto su tratado de arquitectura bajo el título Los Diez Libros de Arquitectura y en el que había surgido el quinto orden que era el compuesto, siendo introducido por doquier bajo el reinado de Augusto en numerosos templos, circos, termas, palacios, puentes, arcos de triunfo, villas, teatros, etc. Enseguida entró de lleno en el tercer periodo, el de la decadencia, motivado por las invasiones bárbaras que llevaron la destrucción, la muerte y la ruina a los edificios de la antigüedad siendo sustituidos por la arquitectura gótica, a su entender muy sólida y firme, pero carente de belleza y hermosura. Es en este momento cuando la afectación y la superfluidad reemplazaron a la proporción y el orden. Para Yarza, el cuarto y último periodo de la Arquitectura, llevaba ya cuatro siglos de existencia y se dirigía hacia la perfección.

Por otro lado, distinguía dos clases de edificios necesarios en todo reino, cuya construcción correspondía a la arquitectura civil: los públicos y particulares. Los públicos los dividía a su vez en sagrados y profanos, siendo los primeros los que servían de culto divino (templos e iglesias) y los segundos a la conveniencia y utilidad, la ostentación y recreo público. En su opinión, debía aplicarse el orden compuesto en las casas de Dios mientras que en el palacio de un rey, bien el orden corintio o el jónico-compuesto. En las casas consistoriales, necesarias en cualquier población, los órdenes aplicados en ellas debían estar en concordancia con la categoría de la ciudad mientras que en las cárceles y los hospitales, ambos establecimientos indispensables en cualquier población, debían introducirse el orden toscano y dórico respectivamente. Por otro lado, en los cuarteles y teatros el toscano y jónico mientras que en el resto de los edificios públicos y particulares, ya fuesen colegios, institutos, aduanas, bibliotecas, audiencias, casas de caridad, viviendas, etc.,  puntualizaba que por su carácter y orden debían ser elegidos en función de sus circunstancias, el objeto para el que habían de servir y la población donde debían ser construidos.

Una vez terminado el discurso lo envió a la Academia a fin de que la corporación lo examinase y determinase lo más conveniente. El viernes 12 de marzo de 1830 tuvo lugar la Junta de Examen a la que no pudo asisitir el arquitecto Antonio López Aguado. Concluida la lectura de la disertación, los examinadores le hicieron varias preguntas acerca de los órdenes que adoptaba para las palacios, los templos, los tribunales de justicia y otros edificios. También sobre la historia de la arquitectura, su origen y progresos, cuyas preguntas fueron contestadas acertadamente. Posteriormente se procedió a la votación secreta, de cuyo resultado salió aprobado en la clase de académico de mérito por uniformidad de votos, grado que le fue concedido en la Junta Ordinaria del 14 de marzo de 1830.

Unos días antes, la Comisión de Arquitectura había censurado varios diseños de su mano relativos a un puente de madera sobre el caudaloso Ebro en la ciudad de Zaragoza, cuyo pensamiento había acordado la Comisión de Arquitectura el 11 de agosto anterior que los pusiese en limpio. Viendo ahora que lo había hecho, los aprobó el 9 de marzo de 1830 siéndolos por la Academia en la Junta Ordinaria del 14 de ese mismo mes. Pero antes de acabar el año remitió en limpio el proyecto para la reedificación del convento de Trinitarios Descalzos de Zaragoza, pensamiento que se encontraría conforme con las advertencias que se le habían señalado y por ello aprobado por la Comisión de Arquitectura el 14 de diciembre de 1830 y por la Academia en la Junta Ordinaria del 19 de este mes.

Seis años más tarde la Real Academia de San Luis de Zaragoza consultó a la Academia de San Fernando sobre si Yarza podía obtener el título de director honorario de la misma, a cuya consulta la Junta de la Comisión de Arquitectura celebrada el 21 de  junio de 1836  le  contestó no podérselo conceder por cuanto que creía hallar «en este contexto una equivocacion de voces en el sentido de la solicitud de Yarza, confundiendo el Director honorario, que es la jubilacion de que habla el Estatº 12 con el de teniente con honores de Director de que trata el Estatuto 11 cuando el singular merito del mismo  ó algun Academico, moviere el R^l animo de S.M. á concederle esta graduacion, bien por notoriedad y servicios, bien á peticion y propuesta de la Academia en lo q^e há causado  siempre de la mayor parsimonia: en uno y otro caso la R^l Academia de Sⁿ Luis hace y nombra sus directores y tenientes cuando los de Sⁿ Fernando son de nombramiento Real á propuesta de la misma, y aquel Cuerpo  sabrá regular los meritos que concurren en el aspirante para concederle ó no aquella distincion y prerrogativas». Una vez enterada la Academia del acuerdo de la Comisión de Arquitectura aprobó su dictamen en la Junta Ordinaria del 26 de junio de 1836.

Posteriormente, la Junta de la Comisión de Arquitectura reunida el 1 de junio de 1841 examinó detenidamente la exposición realizada por el  Ayuntamiento de Zaragoza a fin de que fuese declarado por la Regencia del Reino ser de utilidad pública la obra proyectada en el ensanche y alineación de la tortuosa y estrecha calle de las Moscas al constituir una de las vías más interesantes y por su travesía una de las más cómodas del centro y poblada de la ciudad. Para este fin se tenía pensado tomar parte del terreno que fuese necesario de la casa propiedad de Joaquín Vitorio Almerge, la cual se encontraba en estado ruinoso y en espera de demolición. La exposición del ayuntamiento iba acompañada del plano de la calle levantado por el académico José de Yarza y el arquitecto Joaquín Gironeza, profesionales que marcaban la proyección del ensanche por medio de tres líneas, de las cuales la Academia aprobó la 2ª por ser la más regular y conforme al objeto a conseguir. 

Su nombre volvió a reseñarse en las juntas académicas en 1849, cuando la Sección de Arquitectura reunida el 3 de abril  aprobó su proyecto de cárcel de partido para la villa de La Almunia de Doña Godina (Zaragoza), previo informe elaborado por los académicos Atilano Sanz y Matías Laviña el 1 del mismo mes. Ambos arquitectos habían sido nombrados por la Junta de la Sección de Arquitectura el 27 de marzo anterior para llevar a cabo el estudio de la obra, tras cuyo reconocimiento llegaron a la conclusión que el autor había aprovechado al máximo el perímetro limitado e irregular en la distribucibución del edificio; el proyecto era muy superior a los que anteriormente habían sido programados y el presupuesto estaba ajustado a las operaciones y precios establecidos. Respecto al pavimento, entendieron que en vez de un simple solado de ladrillo se debían construir bóvedillas de 3 a 4 pies de diámetro sobre cítaras de buena mamapostería o ladrillo y sobre ellas, después de bien macizadas sus enjutas, un solado de ladrillo con yeso dejando en el testero de los cañones de la pared que daba al patio unas pequeñas aberturas para la circulación del aire. Por otro lado, las «columnas de madera» debían sustituirse por pilarcitos de yeso y ladrillo, poniendo sobre el cimiento del pozo de aguas una fila de losas para contener el pavimento y servir de base a dichos pilarcitos. Por último, hicieron algunas observaciones en cuanto a la colocación de los comunes y la falta de dos piezas destinadas para enfermerías provisionales de ambos sexos, así como el escaso espesor de las paredes de las reclusiones correspondientes al pasillo alto y bajo que, a su entender, debían ser de doble grueso. El informe de Sanz y Laviña fue aprobado definitivamente por la Academia en la Junta General del 9 de abril de 1850.

Por el contrario, el 1 de noviembre de 1853 la Academia le reprobó su proyecto en borrador para las obras que debían ejecutarse en la iglesia y colegio de las Vírgenes de la ciudad de Zaragoza a fin de establecer en su local un teatro al ser «malísimo para los efectos opticos y acusticos y carecer de todo desahogo y comodidad para el servicio del publico y la escena y por la impropiedad de la fachada».

Cinco años más tarde fue remitido a informe el expediente relativo a la recomposición de la Torre Nueva en dicha capital, cuyo proyecto estaba suscrito por Yarza. La Sección de Arquitectura celebrada el 26 de junio de 1858 acordó elegir «la forma de estrella con el zócalo octogonal de sillería hasta la altura necesaria para salvar la puerta», pero la decisión de cómo llevar a cabo la obra se venía dilucidando desde mediados de 1849, momento en que el Ayuntamiento de Zaragoza había solicitado la opinión de la Academia respecto al derribo de esta obra.  El tema era importante por cuanto que se trataba de una obra monumental cuyo principal director había sido Gabriel Bombao y cuya conclusión había acontecido en 1512, con 416 palmos de elevación y 60 de diámetro. Por entonces, el ayuntamiento pidió una serie de aclaraciones sobre el camino a seguir: 1ª Si dicha torre era diga de conservarse por su mérito artístico; 2ª Si según los informes dados por los arquitectos que la habían reconocido podía conservarse y mantenerse en buen estado sin temor de ruina con los revestimientos que se proponían; 3ª Si la restauración proyectada se acomodaba al carácter de las fábricas; 4º Si sería más costosa la reparación que el derribo y 5º Cuál de estas disposiciones debía seguirse.

Para dar respuesta a todas estas preguntas, la Junta de la Sección de Arquitectura se reunió la noche del miércoles 29 de agosto, momento en que se dio a conocer el parecer que sobre esta obra tenían los arquitectos Antonio Conde y González, Juan Miguel de Inclán, Atilano Sanz y Matías Laviña, profesores que habían formado parte de la comisión nombrada por la Academia para estudiar el asunto con detenimiento.  Todos ellos llegaron a las siguientes conclusiones: «1^er punto: [...] la torre nueva en concepto de los que firman, es un monumento de utilidad, de recuerdos historicos, de gloria nacional y de un merito artistico indisputable, y digno por tanto de conservarse à toda costa./ 2º punto. Si, según los informes dados por los Arquitectos q^e la reconocieron podía conservarse y mantenerse en buen estado por largos años y sin temor de ruina con los revestimientos q^e proponen./ Todos los facultativos, los que menos amigos parecen de los monumentos, y hasta los interesados por la seguridad de los vecinos, convienen en q^e una reparacion hecha  en debida forma puede dar à la torre una larga duracion. Acertadisima es la idea de macizar el hueco q^e ocupa la escalera, cuya operación deberá comenzarse desde el neto del cimiento por dos ó tres hiladas de sillares en forma de dobela con arreglo al buen metodo de construccion, y proseguirse luego hasta salvar la parte debilitada, con ladrillo bueno y mortero de la mejor calidad, suspendiendola el tiempo q^e sea necesario à cada ocho ó diez pies de elevacion para que tenga lugar de consolidarse [...]. Macizado el hueco de la escalera y después de hallarse bien secos sus materiales, podrá hacerse el zocalo propuesto de buen perfil è igual salida en todo su perimetro, atizonandole y engrapando bien unos con otros sus sillares, que deben ser de piedra de mas fuerte, y cuando menos de cinco hiladas de cubierta. [...] se desmontará el chapitel y se repondrá ò hará otro de nueva construccion mas analogo y en harmonia con el edificio, y por consiguiente de mucha menor elevacion./ 3º punto. Si esta restauracion se acomoda al carácter de la fabrica y desfigura su alzado alterando la convinacion de perfiles y sus verdaderas proporciones. Como el revestimiento esterior q^e se propone no pasa de ser un zocalo, no debe desfigurar al basamento y mucho menos y mucho menos a los cuerpos superiores, antes bien como miembro esencial de q^e carece puede y debe dar á uno y otro la gracia y propiedad que le falta./ 4º punto. Si será mas costosa la reparacion q^e el derribo [...] ./5º punto. Finalmente cual de estas disposiciones será preferible atendidos todos los antecedentes. Parece innecesario despues de lo dicho añadir nuevas razones ni detenerse en demostrar con otros datos la preferencia que sobre la demolicion [...] debe darse a la reparacion [...]». Estas conclusiones fueron notificadas en 1849, pero en 1857 el Ayuntamiento de Zaragoza volvió a remitir a la Academia otro expediente sobre la misma obra y como hemos señalado Yarza y Miñana elaboró en 1858 un nuevo proyecto de la torre a fin de concluir de una vez por todas los problemas que acarreaba su construcción.

A mediados de 1865 llegó a informe el proyecto de la cúpula para el crucero del Santo Templo Metropolitano de Nuestra Señora del Pilar formado por Yarza y los arquitectos Mariano Utrilla, Juan Antonio Atienza, Pedro Martínez Sangrós y Mariano López. Contenía una memoria descriptiva y su correspondiente presupuesto, el cual ascendía a la cantidad de 2.200.096, 70 reales de vellón, además del informe relativo a las obras de la iglesia y varios planos del exconvento de San Ildefonso: cuatro planos en borrador y tres en limpio, correspondiendo estos últimos a la planta de la cúpula, la vista geométrica y la sección longitudinal. Para poder examinar acertadamente este expediente se nombró una sub-comisión, la cual creyó conveniente analizar todos los proyectos existentes en el Archivo del Cabildo. Encontró que los relativos a las obras que faltaban eran muy pocos y que la composición del edificio se había tomado del arte pagano, lo que lamentaban porque era imposible terminar las obras adecuándolas a la representación de la idea cristiana. Esta sub-comisión dividió las obras en:

 A) Interiores: la cúpula principal, transformación de las bóvedas que cubrían las naves menores y que circundaban el coro y los espacios intermedios; el coro, el altar mayor, el pavimento de las naves y capillas, el cerramiento de las capillas y el santuario de la Vírgen, además los accesorios de decoración.

 B) Exteriores: el ensanche y arreglo de las avenidas del templo; la fachada del mediodía y sus torres; la fachada del norte, este y oeste. 

 C) Cúpula principal: existía un proyecto de Ventura Rodríguez que representaba el alzado exterior, con el que se podía hacer una idea de los accesorios decorativos exteriores, pero no de los interiores.

 D) Sobre la transformación de las bóvedas: la sustitución de las bóvedas de arista por las de cañón con lunetos por sus buenos resultados; la censura de la multiplicidad de cúpulas por su dificultad de construcción, perjudicar el efecto artístico y su gran coste, pero la sub-comisión no estuvo de acuerdo con su supresión al caracterizar tanto la fisionomía de la arquitectura de esa época.

 E) Variación del coro y altar mayor: se reprobó la ubicación del coro en el centro de la nave principal al destruir el efecto óptico y perspectivo del templo y reducir su capacidad, de hecho, la sub-comisión sabía que Ventura Rodríguez había  propuesto trasladar el gran retablo mayor al testero de poniente, reemplazándole por un tabernáculo, como llevar el coro desde el sitio donde estaba entonces al espacio llamado de la Adoración, es decir, detrás del altar mayor hasta el llamado Cuadro de la Virgen. Respecto a este apartado, la sub-comisión no halló suficientes datos para poder emitir un informe razonado, ya que tan sólo obraba en el expediente media planta de la iglesia y no estaba orientada ni marcada en ella la situación de la Capilla del Pilar.

 F) Pavimento de las naves y capillas: la subcomisión aprobó este proyecto.

 G) Cerramiento de las capillas y del Cuarto de la Virgen: la sub-comisión fue de la opinión que se redujese el existente, construido en la Capilla de San Juan y de Santiago, introduciéndose en él ligeras variaciones.

 H) Accesorios: el estudio de los detalles debía dejarse al arquitecto director.

 I) Obras exteriores: Variación y  arreglo de las avenidas del templo: la sub-comisión no halló claro parte del plano de la ciudad de Zaragoza remitido a censura, puesto que era confuso al no estar orientado, darse en él nombres de calles inexistentes, etc., pero lo más defectuoso del plano era que las dos fachadas pequeñas del edificio del Pilar quedaban encerradas en estrechos callejones sin desahogo, luz y puntos de vista, por lo que se proponía el ensanche de estos dos sitios, la regularización de la plaza y sus avenidas, reformas algo costosas pero muy ventajosas a la larga, aunque los proyectos de Rodríguez y Sevilla se habían realizado bajo la conservación de la estrechez de las calles laterales, siendo el acceso principal a través de la fachada sur, que era la que daba a la plaza.

 J) Fachadas: en este punto, la Sección de Arquitectura fue consciente de que el plan de alineación efectuado por el Ayuntamiento de Zaragoza adolecía de defectos que eran difíciles de corregir. Creía que la ubicación de la torre nueva en la Plaza de San Felipe era nefasta si se consultaba el plano, pues era un estorbo y ademas quitaba las luces y las vistas a los edificios próximos, careciendo ella al mismo tiempo de puntos de vista desde donde se la pudiese ver. Por otro lado, estaba desviada de la vertical y además se habían desprendido parte de su cornisa y el revestimiento exterior de su cuerpo inferior debido a las inclemencias del tiempo. Por ello, la Sección de Arquitectura fue del parecer que podría mejorarse el aspecto de la plaza tomándose como base la iglesia de San Felipe y que la distancia perpendicular desde su fachada al lado opuesto de la torre podía tomarse como tipo para los demás lados de la plaza a fin de que la torre quedase en el centro al menos con relación a los tres de los cuatro lados de la misma.

 Asimismo, se creía necesario el ensanche de algunas calles y la apertura como la condena de algunos callejones sin salida. En estos momentos también fueron tratados otros aspectos no menos importantes, como eran la decoración y los órdenes empleados; el peralte de la cúpula y el espesor de sus claves; el muro del cimborrio y los arcos torales; la decoración interior, el cálculo de los espesores de los muros, el precio de los materiales, el coste de las obras de pintura y escultura y los precios que debían adjudicarse en caso de que la obra se sacase a concurso.

Este proyecto, sumamente importante por tratarse de una obra excepcional sería censurado por la Sección de Arquitectura el 27 de octubre de 1865, junta que quedó constituída por los arquitectos París, Enríquez, Colomer, Cámara, Ríos, Piscina, Sanz y Peyronnet, este último en calidad de vocal secretario. Podemos resumir diciendo que la junta reprobó el proyecto de la cúpula como definitivo al ser insuficientes los documentos enviados y no existir suficientes documentos para formar un juicio completo, porque como ya había indicado la sub-comisión quedaban sin hacer los estudios de detalle. En cuanto a tomarlo como anteproyecto o programa que fijase las bases que determinasen el pensamiento general que debía desarrollarse después por el arquitecto director, se consideró demasiado concreto, lo que significaba que al arquitecto director no se le dejaría la libertad para expresar su propia opinión  y un arquitecto de valía no se encargaría nunca de una obra en tales circunstancias. Para la Sección de Arquitectura, el problema que debía resolver el artista que tomase a su cargo la obra para su conclusión era «idear el mejor modo de concluir el edificio armonizando todo lo mas que sea posible la obra nueva con los que existe, a fin de obtener la unidad artística del conjunto», por lo que tendría que formar un proyecto completo señalando en él lo que existiese, lo que debía conservarse y lo que había que hacer de nuevo acompañándolo de los detalles constructivos y decorativos necesarios.

Dejando de lado las obras del Pilar de Zaragoza y retomando de nuevo la actividad profesional de Yarza, tenemos constancia que el 31 de marzo de 1866 hizó partícipe a la Academia de San Fernando haber recibido su oficio del 28 del corriente comunicándole su nombramiento de académico corresponsal de la misma en Zaragoza, momento que aprovechó para dar las gracias y notificar su aceptación al cargo.

En 1870 fueron nombrado por la Academia el coronel de ingenieros militares Onofre Rojo y los arquitectos Mariano López y Atienza para formar parte de la comisión que debía vigilar en 1870 el estado de seguridad del monumento llamado «Torre Nueva» en la ciudad de Zaragoza, a fin de evitar la ruina del edificio. Esta comisión debía estar formada por seis individuos designados por el Ministerio de la Gobernación, el Ministerio de Fomento, la Academia de San Fernando, la Diputación, el Ayuntamiento y la Academia de Bellas Artes de Zaragoza, debiendo ser presidida por el gobernador. Desde hacía tiempo se venía notando el desplome del edificio, cuya inclinación era notoria desde hacía tres siglos. En 1849 se había solicitado de la Academia de San Fernando un informe sobre su valor histórico-artístico al quererse derribar, como el estado de su conservación y los medios de reparación que eran necesarios para su consolidación. Durante ocho años nadie se ocupó del dictamen emitido por la corporación madrileña, fecha a partir de la cual la torre volvió a ser tema de estudio. En 1863 evacuaron un informe de la obra varios arquitectos e ingenieros, entre ellos Pedro Martínez Sangrós, Miguel Geliner y Gelma y Ramón García, quienes después de mucho dilucidar aprobaron un proyecto de consolidación suscrito por el profesor José de Yarza que finalmente se llevaría a cabo. Al tratar de unir las fábricas interiores con las exteriores y ser trepados sus muros en casi todas sus caras, las obras se suspendieron por algún tiempo, situación que pudo comprometer la seguridad del monumento, aunque no aumentó una sola línea de inclinación. Algún que otro descuido debió de haber en la labra de la clave del arco de entrada, pues se observó que no se ajustaba correctamente, a lo que cabría añadir el desprendimiento de un trozo de ladrillo por los vientos y las aguas en uno de los balconcillos que produjeron la alarma y la determinaron de otra serie de informes contradictorios. No obstante, sin el informe de otros dos profesores que emitieron su opinión ante el estado de la fábrica de la torre mudéjar, esta obra hubiera desaparecido. En estos momentos se estudió el estado de conservación del monumento y después de ejecutados los reconocimientos oportunos se observó que no presentaba indicio alguno de eminente ruina.